第一，黄元御幼年被庸医误治，服用大量苦寒之药，败坏脾胃，伤了后天之本。

第二，黄元御在写书时曾有记载，两鬓白发，耗伤大量心血。

第三，医者不自医。

乾隆二十二年（1758），黄元御在行医、著述生活中因过度劳累，身体中虚，渐成重症，抱病回到故里，居于昌邑城南隅书斋，至乾隆二十三年（1759）九月十七日戌时，溘然长逝，时年五十四岁