依据全国基督教神学教育委员会的办学方针制定教学计划和课程设置，第一年夯实基础，第二年全面提高，第三年拓展视野，第四年理论研究。

其中神学课程占70%，社会学科占30%。神学课程以圣经神学、历史神学、系统神学、实践神学课程为主，社会学科开设文学、哲学、法律、政治、外语、心理学、音乐、钢琴等课程。学院开设的特色课程有《教会管理学》、《福建基督教会史》。