佐助与因陀罗的眼睛的区别是:第一个区别是:佐助的眼睛是永恒万花筒写轮眼，而因陀罗的眼睛只是普通的万花筒写轮眼，第二个原因是花纹的区别，因陀罗是六芒星图纹，佐助的是八芒星图纹，这也表明了佐助的万花筒写轮眼比因陀罗的更加强大。