商铺的房产证丢失了，补办程序如下：

丨）带上身份证原件，到曾经给你发放商铺产权证的房产交易中心说明情况。交易中心会调档查到你的商铺产权证，将其作废。

2）向房产交易中心提供你的身份证原件及复印件，户口本原件及复印件，提供商铺产权证丢失的说明书和申请补办的申请书，就可以补办了。