农村住房不动产确权总的原则是按一户一宅的政策来进行确认的。新建的农村三层楼的确权，首先按宅基地的占地面积来确权。其次按建筑层次确定建筑面积，两层楼按两层建筑面积累计面积，三层楼按三层建筑面积累计。不过建筑层次要以审批的面积为准，超审批面积部份不予确权。