农村申请建房的申请书丢了，可以再重新补办一套手续就可以了。

现在新农村建设，各个村屯都有统一的规划，如果你需要申请建房可以。把自己需要建房的理由写份申请报，请到村委会，由村委会再报警到规划局和相关部门进行审批，如果你把相关的手续丢了，那就应该重新补办一份，杜绝私自乱建，这样是违法的。