乡村振兴部门。根据机构改革及“三定”原则，各级乡村振兴部门负责脱贫攻坚事项。乡村振兴部门是原扶贫办更名而来，承担全部事项职能。建档立卡认定属于乡村振兴工作中的一项基本业务，通过认定贫困户，才能享受相关待遇。所以说，建档立卡认定部门是乡村振兴部门。