三楼。

与国内的火车站都采取的从上层进站、下层出站的人流组织形式不同，为了配合枢纽以步行人流换乘集散交通层为中心的流线组织，国家铁路首次在深圳北站实现了“上进上出”的人流组织，这也是国内唯一采用“上进上出”的大型火车站。