有危害，现在国家文物局已经有新的政策，规定二级以上文物的拓印要征求上级主管部门的允许才能进行。一级文物原则上不再进行拓印。而且现在有很多新的技术，比如高清影像采集，不需要拓印，对碑石（没有残留颜料的）基本上没有损害，而且更为清晰，已经在大量应用了（只是价格比拓印要高）。

另外，拓印这门技术本身是基于中国文字和书法艺术下的一门子艺术，有自身的艺术魅力，如果没有拓印碑石的工作，这门技术也许就绝迹了，所以这也是一个有趣的矛盾。