红豆杉雌雄异株、异花授粉、植株间隔，导致授精受阻、种子数量减少。种子当年成熟，假种皮厚，自然条件下需两冬一夏才能萌芽。虽然偶有天然更新苗，但大多数种子休眠期内己腐烂或干燥失水失去活力。

幼苗长势慢、抗逆性差、成活率低，决定了野生红豆杉资源分散性、有限性及发展难度，这也是红豆杉稀有濒危的客观原因所在。