村干部依法注册公司是允许的，村干部不属于编制内公务员，也不属于在编事业人员，他的收入来源主要是误工性补贴，国家没有法律和政策性规定限制其开办公司，但前提是要依法经营，不得损害村集体利益，不得损公肥私，不得进行利益勾连，不得影响本职工作。