一、性质不同

1、原口动物性质：由原肠胚的胚孔形成口的动物。

2、后口动物性质：在胚胎的原肠胚期其原口形成为肛门而与之相对的后口形成嘴部的动物总称。

二、类型不同

1、原口动物类型：扁形动物、纽形动物、线形动物，环节动物、软体动物和节肢动物等。

2、后口动物类型：半索动物门、毛颚动物门、棘皮动物门、脊索动物门动物均为后口动物。