风后奇门和武侯奇门的区别是周天和先天的区别，以及档次不同。

1、周天和先天的区别。

风后奇门其实就是先天奇门，以天地为基础，而武侯奇门就是周天奇门，以人和物为基础。

2、档次不同。

武侯奇门要比风后奇门低一个档次，就算把武侯奇门练得再强，也只是周天奇门，发挥的力量不会超过施法者的本身。而风后奇门可以调动天地间的力量为己用，更能随意拨动武侯奇门，因为人和物都存在于天地之间，所以掌握风后奇门就理所当然地理解了武侯奇门，知道武侯奇门的变化和弱点。