最早的秦姓是鲁国的宗室后裔，确切地说是周公之子伯禽的一支庶脉，因为被分封在秦邑（今河南省境内临近山东省的范县旧城镇），其后人成为秦氏，这属于标准的“以邑为氏”。

还有一支秦姓是秦朝王室的后裔。秦朝（秦国）宗室本来是赵氏（源自嬴姓），秦朝灭亡后，幸存下来宗室人员中有一些改成了“秦”氏，这属于典型的“以国为氏”。

还有一些汉族的秦姓是两千多年来汉化融合于汉族的外来成员，例如汉魏时期罗马帝国来华的侨民以及后来五胡十六国时代大量汉化的北胡南蛮成员。