上海虚拟交通卡是不能关联防疫卡的。

上海目前在防疫常态化的进程中，在乘坐公共交通工具时，凡有智能手机的，都需要扫一下场所码，但是上海因为是老龄化程度比较高的城市，如果有老年人因无智能手机，就会对老年人造成不便，所以就设置了交通卡贴膜，以关联身份信息，了解老年人的通勤情况。但是如果你有智能手机（又有虚拟交通卡），直接就可以扫场所码了，无关联防疫卡的必要。