九元观的结局如下：九元道祖明显是不愿意投靠天庭的，于是时间道祖古或今可能已经出手对付九元道祖了，那个时候九元道祖应该就联系了轮回殿，或者向轮回殿求援了，在结局中就有了轮回殿从长计议的这一次的九元观任务。