两者的区别就在于角色和表演的人物的不一样。

武旦：是戏剧中的一种女性角色，她主攻的是徒手的武打，有比较深厚的腿脚和翻滚的功夫，例如：杨排风   

刀马旦：表示是骑马杀仗的年轻女性，主要表演的是有马有兵器的功夫，她不要求一定有武旦那样的腿脚和翻滚的功夫，但是必须有刀马的表演功夫，例如：穆桂英挂帅。