有负一层。阜阳科技馆主体建设共有五层，其中底下一层，地上四层。设有序厅、科技乐园、智慧创造、我与我家、天地之间五大常设展厅，另有VRAR体验区、消防展示区和青少年创客活动室，共计268套科普展品。

负一层为虚拟互动体验区。采用计算机视觉计算和投影显示技术，营造奇幻动感的交互体验让观众进入一种虚实融合，亦真亦幻的奇妙世界感受前沿科技带来的视觉冲击与神奇魅力。