一件代发退货运费由商家承担，买家在网站购买一件代发产品时，运费由商家承担，而商家于一件代发的厂家协商，最终的运费支付由哪方承担

正常的情况下。不论是一件代发还是普通的卖货都应该由商家承担运费，因此退货的运费也应该由商家来承担。