文明与征服城市最高等级是10级，城市是随着游戏时间自动升级的升级，提高城市是粮食，其次是提升住房和宜居度也会加快城市升级速度，值得注意的是玩家的城市等级越高防御能力也会随之增加，而且城市攻击力也会提高。

城市边界可以向外扩展3格，因此每个城市的最大区域依然是36格，不同之处在于，文明6里的奇观和建筑也将修建在地块上，与地块上的改进设施争夺有限的地块数量。