小慈菇主要分布于安徽、浙江、江西、福建、广东、海南、广西等省区。生于水田、沼泽、溪沟浅水处，为我国特有品种。

小慈姑多年生沼生或水生草本植物。沉水叶披针形，主脉粗壮花序总状轮生，雄花多雌花少，近卵形瘦果近倒卵形。果喙自腹侧伸出，宿存，长约0.5-1毫米。花果期5-11月。