主要的原理是利用通过它的水解作用形成的次氯酸进行消毒，而次氯酸钠在水的作用下会进一步的形成活性物质，这样能将里面的蛋白质出现分解的现象，从而达到杀死病原微生物的作用。

同时次氯酸钠消毒的作用主要是和其浓度有关的，其浓度越高，消毒杀菌的作用就会越强，同时次氯酸钠在水里分解的时候会产生一种氯离子，它能完全的改变病毒体的渗透压，从而使病毒物质丧失活性而死亡。