里海海豹的起源的真相是，上新世末年发生了一次海侵事件，淹没了从今天里海到咸海的广阔地区，当时的里海是今天的三倍大，有一批来自北方的海豹随着海水侵入里海。海退以后，这些海豹就被留在里海中，演化成里海海豹。

传统观点认为，这一伙入侵的海豹是北极的环斑海豹，近期也有学者依据线粒体DNA分析结果，认为是北大西洋的灰海豹。